Organinių trąšų ir bioorganinių trąšų žaliavos pasirinkimas gali būti įvairus gyvulių mėšlas ir organinės atliekos.Pagrindinė gamybos formulė skiriasi priklausomai nuo skirtingų tipų ir žaliavų;pagrindinės žaliavos yra: vištų mėšlas, ančių mėšlas, žąsų mėšlas, kiaulių mėšlas, galvijų ir avių mėšlas, pasėlių šiaudai, cukraus pramonės filtravimo purvas, cukrus, cukrinių runkelių likučiai, distiliuotojo grūdai, vaistų likučiai, furfurolo likučiai, grybų likučiai, pupelės pyragas, medvilnės sėklų pyragas, rapsų pyragas, žolės anglis ir kt.